Com o Tribunal Penal Internacional de Haia, foi criada em 2002 uma instância fixa para a punição de crimes contra os direitos humanos. No mundo interligado do pós-Guerra Fria, as ditaduras militares de Espanha, Argentina e Chile suscitaram uma nova reflexão jurídica.

"Mais vale tarde do que nunca" e "Justiça já" – foram estas as faixas erguidas por numerosos manifestantes em outubro de 1998 em frente ao London Bridge Hospital. O antigo ditador chileno Augusto Pinochet, que se encontrava então em prisão domiciliária com base num mandado de captura internacional, estava a ser tratado no hospital. A notícia da acusação de Pinochet pelo juiz de instrução de Madrid, Baltasar Garzón, pelo assassínio de 194 cidadãos espanhóis, caiu como uma bomba na Grã-Bretanha, no Chile, mas também em Espanha. Embora a Câmara dos Lordes britânica, enquanto mais alta autoridade judicial, tenha defendido a extradição de Pinochet para Espanha, o processo judicial tornou-se rapidamente uma questão política. Os antigos chefes de governo pró-Pinochet Margaret Thatcher e George H.W. Bush argumentaram que o ex-ditador de Pinochet só podia ser julgado no seu próprio país. Simultaneamente, a Alta Comissária das Nações Unidas para os Direitos Humanos, Mary Robinson, apoiou o veredicto britânico. Apesar de o ministro do Interior Jack Straw ter autorizado a partida de Pinochet para o Chile após dois anos de disputas legais, o julgamento foi um ponto de viragem, especialmente para Espanha.

Uma vez que o Tribunal de Recurso da Audiência Nacional confirmou a opinião geral de Garzón de que as leis de amnistia nacionais, como o decreto chileno de 1978, não eram superiores à lei espanhola, Madrid tornou-se rapidamente o ponto central da jurisdição universal. O protagonista mais importante continuou a ser o juiz de instrução Garzón, que em 2005 arrastou Adolfo Scilingo, o torturador da ditadura militar argentina residente em Espanha, perante o Supremo Tribunal espanhol. Scilingo esteve envolvido nos chamados "voos da morte", uma prática em que prisioneiros drogados eram lançados de aviões e helicópteros sobre a Baía do Rio da Prata para se afogarem no Oceano Atlântico. Foi condenado a 640 anos de prisão, em parte porque a Argentina estava disposta a cooperar – uma sentença que foi aumentada para 1084 anos em 2007, depois de terem vindo a lume mais casos. O paradoxo espanhol era que, enquanto os tribunais de Madrid agiam agora contra criminosos amnistiados dos direitos humanos em todo o mundo, o passado conturbado de Franco permanecia intocado pela lei de amnistia espanhola de 1977. Assim, em 2008, Garzón falhou com uma acção judicial perante a Audiência Nacional para esclarecer o paradeiro de 130.000 desaparecidos da guerra civil.

Em 2013, a juíza argentina María Romilda Servini actuou na direcção oposta. Em 2010, dois espanhóis residentes na Argentina apresentaram uma queixa contra os crimes de lesa-humanidade do regime franquista, à qual se juntaram 5.000 outros queixosos no espaço de dois anos. Servini emitiu mandados de captura internacionais para quatro membros das forças de segurança espanholas, mas estes foram rejeitados pela Audiência Nacional em 2014, invocando a lei de amnistia espanhola de 1977. Servini apresentou então acusações contra 20 políticos de alto nível que pertenceram ao último governo franquista e ao primeiro governo da UCD de Adolfo Suárez, incluindo o antigo ministro do Interior Rodolfo Martín Villa e o antigo ministro da Habitação José Utrera Molina. Embora o Relator Especial das Nações Unidas para a promoção da verdade, da justiça, da reparação e das garantias de não repetição, Pablo de Greiff, tenha considerado que a Espanha era obrigada a processar os arguidos, o governo espanhol recusou extraditá-los em 2015. Assim, o primado da jurisdição internacional em Espanha continua por cumprir até aos dias de hoje.