Mit dem Internationalen Strafgerichtshof in Den Haag wurde 2002 eine feste Instanz zur Bestrafung von Menschenrechtsverbrechen geschaffen. Auch die Militärdiktaturen in Spanien, Argentinien und Chile wurden in der global vernetzten Welt nach dem Kalten Krieg juristisch neu betrachtet.

„Besser spät als nie“ und „Gerechtigkeit jetzt!“ – solche Schilder reckten zahlreiche Demonstranten im Oktober 1998 vor dem London Bridge Hospital in die Höhe, wo sich der chilenische Ex-Diktator Augusto Pinochet zur Kur aufhielt und nun durch einen internationalen Haftbefehl unter Hausarrest gesetzt fand. Die Nachricht von der Anklage Pinochets durch den Madrider Ermittlungsrichter Baltasar Garzón wegen der Ermordung 194 spanischer Staatsbürger schlug in Großbritannien, Chile, aber auch Spanien wie eine Bombe ein. Während das britische Oberhaus als höchstrichterliche Instanz für eine Auslieferung Pinochets nach Spanien plädierte, wurde der juristische Prozess schnell zu einem Politikum. Sprachen sich die Pinochet-freundlich gesinnten Ex-Regierungschefs Margaret Thatcher und George H.W. Bush dafür aus, dass diesem nur in seinem eigenen Land der Prozess gemacht werden könne, so unterstützte die Hohe Kommissarin der UN für Menschenrechte Mary Robinson das britische Urteil. Auch wenn Innenminister Jack Straw nach zwei Jahren juristischem Tauziehen Pinochet nach Chile abreisen ließ, so stellte der Prozess vor allem für Spanien einen Wendepunkt dar.

Da das Berufungsgericht der Audiencia Nacional Garzóns Grundauffassung Recht gab, dass nationalstaatliche Amnestiegesetze wie der chilenische Erlass von 1978 nicht über dem spanischen Recht standen, entwickelte sich Madrid bald zum zentralen Hub der universellen Gerichtsbarkeit. Wichtigster Protagonist blieb Ermittlungsrichter Garzón, der 2005 den in Spanien lebenden Folterer der argentinischen Militärdiktatur Adolfo Scilingo vor den Obersten Gerichtshof Spaniens zerrte. Scilingo war maßgeblich an den sogenannten „Todesflügen“ beteiligt – eine Praxis, bei der betäubte Häftlinge aus Flugzeugen und Helikoptern über der Bucht des Río de la Plata abgeworfen wurden, um im Atlantik zu ertrinken. Er wurde zu 640 Jahren Gefängnis verurteilt, auch weil sich Argentinien kooperationsbereit zeigte – eine Strafe, die 2007 nach dem Bekanntwerden weiterer Fälle auf 1084 Jahre Haft erhöht wurde. Das spanische Paradoxon bestand darin, dass die Madrider Gerichte nun zwar weltweit gegen amnestierte Menschenrechtsverbrecher tätig wurden, die eigene problematische Vergangenheit des Franco-Regimes jedoch weiterhin durch das spanische Amnestiegesetz von 1977 unangetastet blieb. So scheiterte Garzón 2008 mit einer Klage vor der Audiencia Nacional zur Aufklärung des Verbleibs von 130.000 Verschwundenen des Bürgerkriegs.

Im Jahr 2013 wurde die argentinische Richterin María Romilda Servini dann in umgekehrter Richtung tätig. Bereits 2010 hatten zwei in Argentinien lebende Spanier Klage gegen die Menschenrechtsverbrechen des Franco-Regimes erhoben, denen sich in zwei Jahren 5.000 weitere Kläger anschlossen. Servini schrieb internationale Fahndungs- und Haftbefehle gegen vier Angehörige der spanischen Sicherheitskräfte aus, die jedoch 2014 durch die Audiencia Nacional unter Berufung auf das spanische Amnestiegesetz von 1977 abgelehnt wurden. Servini erhob daraufhin Klage gegen 20 hochrangige Politiker, die den letzten Franco- beziehungsweise ersten UCD-Regierungen von Adolfo Suárez angehörten – so Ex-Innenminister Rodolfo Martín Villa und Ex-Bauminister José Utrera Molina. Trotz der Feststellung des UNO-Sonderberichterstatters für die Förderung von Wahrheit, Gerechtigkeit, Wiedergutmachung und Garantien der Nichtwiederholung, Pablo de Greiff, dass Spanien dazu verpflichtet sei, die Angeklagten zu belangen, verweigerte das spanische Kabinett 2015 die Auslieferung. So bleibt das Primat der internationalen Gerichtsbarkeit in Spanien bisher unerfüllt.