Con la Corte Penal Internacional de La Haya se creó en 2002 una instancia fija para el castigo de los crímenes contra los derechos humanos. En el mundo interconectado pos Guerra Fría las dictaduras militares de España, Argentina y Chile evocaron una nueva consideración jurídica.

"Más vale tarde que nunca" y "¡Justicia ya!" – tales pancartas fueron enarboladas por numerosos manifestantes en octubre de 1998 frente al hospital London Bridge. Allí se curaba el ex dictador chileno Augusto Pinochet, que se encontraba entonces bajo arresto domiciliario en virtud de una orden de detención internacional. La noticia de la imputación de Pinochet por el juez de instrucción de Madrid, Baltasar Garzón por el asesinato de 194 ciudadanos españoles cayó como una bomba en Gran Bretaña, Chile, pero también en España. Mientras la Cámara de los Lores británica, como máxima autoridad judicial, abogaba por la extradición de Pinochet a España, el proceso judicial se convirtió rápidamente en una cuestión política. Los ex jefes de gobierno pro Pinochet Margaret Thatcher y George H.W. Bush argumentaron que el ex dictador sólo podía ser juzgado en su propio país. Simultáneamente la Alta Comisionada de la ONU para los Derechos Humanos Mary Robinson apoyó el veredicto británico. Aunque el ministro del Interior, Jack Straw, permitió la salida de Pinochet hacia Chile tras dos años de tira y afloja legal, el juicio supuso un punto de inflexión, especialmente para España.

Desde que el Tribunal de Apelación de la Audiencia Nacional confirmó el punto de vista general de Garzón que las leyes de amnistía nacionales, como el decreto chileno de 1978, no eran superiores a la ley española, Madrid pronto se convirtió en el eje central de la jurisdicción universal. El protagonista más importante siguió siendo el juez instructor Garzón, que en 2005 arrastró ante el Tribunal Supremo español a Adolfo Scilingo, el torturador de la dictadura militar argentina que residía en España. Scilingo estuvo involucrado en los llamados "vuelos de la muerte," una práctica en la que prisioneros drogados eran arrojados desde aviones y helicópteros sobre la bahía del Río de la Plata para ahogarse en el océano Atlántico. Fue condenado a 640 años de prisión, en parte porque Argentina estaba dispuesta a cooperar  – una condena que se incrementó a 1084 años de prisión en 2007 después de que salieran a la luz más casos. La paradoja española era que, mientras los tribunales de Madrid actuaban ahora contra criminales de derechos humanos amnistiados en todo el mundo, el problemático pasado del franquismo propio permanecía intocado por la ley de amnistía española de 1977. Así, en 2008, Garzón fracasó con una demanda ante la Audiencia Nacional para esclarecer el paradero de 130.000 desaparecidos de la guerra civil.

En 2013, la jueza argentina María Romilda Servini actuó en dirección contraria. En 2010, dos españoles residentes en Argentina habían presentado una querella contra los crímenes de lesa humanidad del régimen franquista, a la cual se sumaron otros 5.000 querellantes en dos años. Servini emitió órdenes internacionales de busca y captura contra cuatro miembros de las fuerzas de seguridad españolas, pero éstas fueron rechazadas por la Audiencia Nacional en 2014, alegando la ley de amnistía española de 1977. Servini presentó entonces cargos contra 20 políticos de alto rango que pertenecieron al último gobierno franquista y al primero de la UCD de Adolfo Suárez, entre ellos el ex ministro del Interior Rodolfo Martín Villa y el ex ministro de la Vivienda José Utrera Molina. A pesar de que el Relator Especial de la ONU sobre la promoción de la verdad, la justicia, la reparación y las garantías de no repetición, Pablo de Greiff, consideró que España estaba obligada a procesar a los acusados, el gabinete español se negó a extraditarlos en 2015. Así pues, la primacía de la jurisdicción internacional en España sigue sin cumplirse hasta la fecha.